分子绘制地图简化

我们周围的大量的微量分子和3 d现在可以映射任何质谱仪实验室由于研究人员发布开源软件和循序渐进的指示和可视化技术。

领导的一个团队Pieter Dorrestein圣地亚哥的加利福尼亚大学的我们,西奥多Alexandrov现在在Heidelburg欧洲分子生物学实验室,德国,展示了他们的3 d分子制图技术在过去的映射化学痕迹留下的人接触各种日常的环境。

但他们的方法是费时,需要好几个月的计算机工作。为了让事情更简单和更快的团队已经开发出一种更流线型的协议与新、更用户友好的软件,人们可以没有专业计算知识。

技术的工作原理是首先在3 d扫描或2 d区域映射的照片。物体表面然后用棉签取样收集小分子,代谢物,脂质和肽,可以确定使用液相色谱质谱分析。团队开发用户友好的软件,可以产生化学结合质量规范数据的交互式地图坐标的3 d或2 d模型。

与3 d制图我们直接看的数据,同时把它放在上下文对象的2 d或3 d图像采样,“Dorrestein说。效用范围从人们研究溶解有机物在海洋…流行病学、取证和医学,从全球范围内sub-millimetre。”

想象的新的和改进的技术的三维分布化工医疗、生态或法医调查表示欢迎,“评论斯图尔特•沃克法医和分析化学家弗林德斯大学在澳大利亚。但他怀疑整个过程对于大多数实验室可能仍过于昂贵。需要超过72小时的100点包括样品制备的16小时,30小时的质谱库检索的时间和20个小时限制实例的数量及时返回证明费用,设施,人员和仪器的成本,”他说。

但珍妮特简颂太平洋西北国家实验室,我们预计该协议将“非常受欢迎,改变游戏规则,”她在微生物生态学领域。我们期待着这个协议应用到理解分子微生物与人体之间的通信信号和植物,”她说。我特别着迷与代谢组学的结合和3 d分子制图,将使我们能够想象的具体地点发现代谢物。