下一代测序技术追踪癌症进展和有害细菌

一项新的原理证明研究表明，下一代测序可用于持续评估和监测白血病患者的风险。

这项技术的新应用是癌症治疗革命的一部分，这是测序成本急剧下降的结果。这种方法在未来可能会更广泛地用于跟踪癌症和其他疾病的进展，为更有针对性、个性化和非侵入性的治疗铺平道路。

的研究使用下一代测序来评估被认为在白血病患者中普遍存在的突变的存在，并识别有害微生物。研究小组收集了20名儿童的156份血液和骨髓样本，这些儿童在接受诱导化疗的6周时间里，身体的免疫功能受到抑制，因此容易感染。该团队还捕获了感兴趣的DNA并对其进行测序，将重点转移到仅与临床相关的DNA上，而不是进行全基因组测序。

追踪白血病相关的突变可以让临床医生监测疾病是如何在患者体内传播的。“如果我们在整个治疗过程中看到这些突变持续存在，我们就知道那里仍然有一些白血病，”该研究的合著者说查尔斯Gawad他是加州斯坦福大学的儿科肿瘤学家。

Gawad说，在诱导治疗期间，当患者免疫抑制时，一些微生物会繁殖，而其他微生物则会减少或保持不变。引人注目的是，该研究发现，来自疱疹和多瘤家族的病毒在诱导治疗期间被重新激活。加瓦德指出:“这些是我们通常不会监控的事情。”“我们真的不知道它们在患者的临床过程中发挥了什么作用。”

加瓦德说，你通常不会在健康的人体内发现这些病毒，但免疫抑制可能意味着它们不受控制，可以大量繁殖。“问题是，这些微生物中哪些是重要的，哪些可能导致发烧?”他问道。“它们会改变化疗的效果吗?”他们会不会因为某种原因让我们改变治疗方法?”

然而，根据目前的技术，对相关基因进行测序的整个过程仍然需要三到四天，Gawad说。“对于一种急性疾病来说，这还不够快。”

基思•罗宾逊合成生物学公司Ginkgo Bioworks的计算生物学家指出，这项研究只考虑了DNA病毒，而不是RNA病毒。但罗宾逊表示，在治疗癌症患者时，针对罕见的癌症相关突变和特定病原体是未来的方向。它有机会提供非常丰富的数据集。”

罗宾逊说，20名患者的研究样本是适度的，需要更大的随机对照试验来证明真正的临床益处。但他指出，这种研究在十年前是闻所未闻的。他说，这将是天文数字般的昂贵。

Gawad说，按照目前的做法，许多白血病患者最终会发烧，原因尚不清楚。不过，他指出，临床医生通常倾向于在不知道是否会使患者处于更高风险的情况下继续治疗。

加瓦德补充说，最终的目标是给病人“尽可能少的治疗，最小的毒性，从而治愈他们的疾病”。